“Prima stima filogenetica del tasso di riproduzione effettivo di SARS CoV 2”
di Alessia Lai, Annalisa Bergna, Carla Acciarri, Massimo Galli e Gianguglielmo Zehender. Abstract tratto dal Journal of Medical Virology (2020;1–5. Received: 14 february 2020 | Accepted: 21 february 2020)
Per ricostruire le dinamiche evolutive del nuovo coronavirus che ha recentemente provocato un focolaio a Wuhan, in Cina, il gruppo di biologi guidati dal professor Gianguglielmo Zehender ha analizzato 52 genomi SARS ‐ CoV ‐ 2, le cui sequenze erano disponibili dal 4 febbraio 2020 consultando la Global Initiative on Sharing All Influenza Data.
I due modelli utilizzati per stimare il tasso di riproduzione (crescita esponenziale basata sulla coalescenza e il modello per la trasmissione birth‐death skyline) indicavano un tasso evolutivo medio stimato (la stima dei tassi di sostituzione dei nucleotidi è un modo efficace per rivelare le dinamiche e i processi dell’evoluzione virale) di 7,8 × 10−4 subs/sito/anno (intervallo, 1,1 × 10−4‐15 × 10−4) e un tempo medio del più recente antenato comune (tMRCA) al tree root (la posizione ipotetica sull’albero dell’antenato) di 73 giorni.
Il valore R stimato era 2,6 (intervallo, 2,1-5,1) ed era aumentato da 0,8 a 2,4 nel dicembre 2019. Il tempo medio stimato di raddoppio dell’epidemia era tra 3,6 e 4,1 giorni.
Questo studio dimostra l’utilità della filogenesi nel supportare la sorveglianza di nuove infezioni emergenti anche mentre l’epidemia sta crescendo.
In conclusione, questi risultati hanno permesso di ottenere una stima filogenetica dell’infezione da SARS ‐ CoV ‐ 2 simile a quella ottenuta utilizzando metodi epidemiologici convenzionali usati da Zao e colleghi nell’articolo pubblicato su International Journal of Infectious Diseases (Zhao et al, Int J Infect Dis. 2020;92:214–217) e un tempo stimato di raddoppio probabilmente più breve del numero di soggetti coinvolti almeno durante le prime fasi dell’epidemia. I risultati supportano anche l’utilità degli studi filodinamici come importanti analisi complementari agli approcci classici alla sorveglianza e monitoraggio di un’infezione emergente, anche soprattutto nel corso di una epidemia.
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