Roma, 27 settembre 2021 (AgOnb) – Sviluppare una nuova metodologia che consenta di assemblare interi genomi su un PC in pochi minuti. Questo l’obiettivo dello studio, pubblicato su Cell Systems, condotto dagli scienziati del MIT e dell’Institut Pasteur in Francia, che hanno elaborato una nuova tecnica di genomica, 100 volte più veloce di quelle attuali, che consente una rappresentazione più compatta dei dati del genoma. “Possiamo assemblare rapidamente interi genomi e metagenomi” – sottolinea Bonnie Berger, del MIT – “e possiamo farlo tramite un PC portatile. Questa capacità è essenziale per valutare, ad esempio, i cambiamenti nel microbioma intestinale legati a malattie e infezioni batteriche, come la sepsi, in modo da poterli trattare più rapidamente e salvare vite umane”. Questi progetti possono richiedere diversi giorni e una potenza di calcolo enorme del computer. Il team di Berger si è ispirato ai modelli linguistici, partendo dal concetto di grafico di de Bruijn, utilizzando brevi sequenze di nucleotidi invece che singoli elementi. “Abbiamo ridotto significativamente la memoria necessaria ad eseguire l’operazione” – afferma Berger – “i nostri grafici salvano una piccola frazione dei nucleotidi totali, preservando la struttura complessiva del genoma”. Gli autori hanno applicato il metodo per assemblare il genoma del “moscerino della frutta, e i dati sul genoma umano forniti da Pacific Biosciences (PacBio). Si è scoperto che il software richiedeva molto meno tempo e meno memoria rispetto ad altre tecniche. “Il software funziona” – afferma Rayan Chikhi, dell’Institut Pasteur – “e non richiede passaggi di pre-elaborazione che possono essere costosi. Siamo entusiasti dei risultati. Prevediamo di contattare gli scienziati per sviluppare insieme siti di test genomici veloci”. (AgOnb) Mmo 12:00
