Di recente sono state riportate prove scientifiche del coinvolgimento del microbiota umano nello sviluppo della malattia da COVID-19. È stata osservata la presenza di RNA SARS-CoV-2 nei campioni fecali umani e l’attività di SARS-CoV-2 nelle feci di pazienti COVID-19.
Metodi
Partendo da queste osservazioni, è stato sviluppato un disegno sperimentale per coltivare microbiota fecale in vitro da individui infetti, per monitorare la presenza di SARS-CoV-2 e per raccogliere dati sulla relazione tra batteri fecali e virus.
Risultati
I nostri risultati indicano che SARS-CoV-2 si replica in vitro nel mezzo di crescita batterica, che la replicazione virale segue la crescita batterica ed è influenzata dalla somministrazione di antibiotici specifici. I peptidi correlati alla SARS-CoV-2 sono stati rilevati e caratterizzati in colture batteriche di 30 giorni.
Discussione
Le nostre osservazioni sono compatibili con un comportamento “simile a un batteriofago” di SARS-CoV-2, che, a nostra conoscenza, non è stato osservato o descritto prima. Questi risultati sono inaspettati e suggeriscono una nuova ipotesi sulla biologia del SARS-CoV-2 e sull’epidemiologia del COVID-19. La scoperta di possibili nuove modalità d’azione di SARS-CoV-2 ha implicazioni di vasta portata per la prevenzione e il trattamento della malattia.
Figura 1. Variazione del carico di RNA SARS-CoV-2 nel tempo.
Misurazioni del carico di RNA SARS-CoV-2 (riportate come AU, vedere i dati estesi) dei campioni A (barre blu), B (barre arancioni), B(A+) (barre rosse) e C (barre azzurre) cresciute, tutte sotto le stesse condizioni per trenta giorni dall’inoculazione (giorno 0). Il carico di RNA SARS-CoV-2 nel campione B(A+) ha avuto una tendenza all’aumento di potenza nel tempo (come mostrato nel piccolo riquadro in alto a sinistra), leggermente aumentato nel campione A e diminuito nel campione C. Come previsto, il campione B è stato trovato costantemente negativo.
Figura 3. Aumento del carico di RNA SARS-CoV-2 in diversi campioni di donatori e riceventi.
Risultati di esperimenti che combinano campioni provenienti da tre fonti di “donatore infetto” (A1, A2 e A3) e da tre fonti di “ricevente sano” (B1, B2 e B3). A) I grafici riportano i risultati di nove combinazioni. Per normalizzare le misurazioni, tutti i valori al giorno 0 sono stati utilizzati come denominatore (al giorno 0 tutti i valori = 1), ovvero per ogni campione, al giorno X, è stato calcolato il rapporto tra LuminexCountAtDayX/LuminexCountAtDay0. Ogni barra rappresenta il rapporto di carico dell’RNA SARS-CoV-2. Pur con alcune differenze, gli andamenti osservati sono simili, confermando l’aumento nel tempo del carico di RNA SARS-CoV-2 nei campioni di tipo A e nei campioni di tipo B(A+), indipendentemente dalle fonti di A e B. B) ciascuno .
la linea rappresenta la media del rapporto di carico di RNA SARS-CoV-2 dei campioni B1 (linea verde), B2 (linea gialla) e B3 (linea azzurra) infettati ciascuno con tre diverse fonti di donatori A. Per normalizzare le misurazioni, tutti i valori al giorno 0 sono stati normalizzati come descritto nel pannello A).
Figura 4. Effetto degli antibiotici sulla carica virale.
Misurazioni del carico di RNA SARS-CoV-2 (riportate come AU, vedere materiale supplementare) di diciotto aliquote pre- (rosso) e post- (tre giorni, tratteggiata) con la seguente selezione di antibiotici (ABX): Metronidazolo (classe: azoli) ); Clindamicina, Lincomicina, Piperacillina+Tazobactam, Vancomicina (classe: Acidi carbossilici e derivati); Amoxicillina, Ampicillina, Cefixime, Ceftriaxone, Meropenem (classe: Lattamici); Rifaximina (classe: Macrolattamici); Azitromicina, Eritromicina, Gentamicina (classe: composti organo-ossigenati); Ciprofloxacina, Colistina, Levofloxacina (classe: Chinoline e derivati); Teicoplanina (antibiotico glicopeptidico semisintetico). Il carico di RNA SARS-CoV-2 è riportato come variazione percentuale preABX-postABX.
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